A 2008-as crossover videojáték megjelenése előtt Mortal Kombat vs. DC Univerzum Címmel a DC Comics kiadott egy előzetes képregényt Mortal Kombat vs. DC Univerzum: Kezdet John Vogel, John Tobias és Crystal Reid, amelyek jelentősen kibővítették a játék hátterét.
A történetet egy titokzatos, Dark Kahn nevű figura nyitja, aki Shao Kahn és Darkseid összevonásának tűnik. Kezdetben konfliktusba került mindkét emlékkel, Dark Kahn visszanyeri az irányítást és elkezdi egyesíteni a két univerzumot. Saját dühében elárasztva elküldi a Kombat Rage-et, amely mindkét világban hullámzik, megfertőzve a DC összes hősét a Mortal Kombat harcosaival együtt. A Dark Kahn ereje miatt az egyes univerzumok egyes szereplői eltűnnek a létezésből, például Robin és Johnny Cage, míg mások a másik világba szállnak. Amint mindannyian keresni kezdik azokat, akik eltűntek, és felfedezik új környezetüket, mindkettőjükben megnő a Kombat Rage őrültsége, ami miatt egymás felé fordulnak.
A történet előrehaladtával újabb karakterek esnek áldozatul a Kombat Rage-nek, amely felgyorsítja az univerzumok összeolvadását. Sötét Kahn elbeszélésével a hősöket és harcosokat megzavarja új környezetük, és összezavarodnak eltűnő szövetségeseik. Míg néhány szereplő tisztában van Dark Kahn cselekedeteivel, mint Raiden és Shazam, őket is elvonja a figyelmét a Kombat Rage, ezzel biztosítva Dark Kahnt abban, hogy nem lehet megállítani.
A két univerzum eggyé válásával látjuk, hogy Shang Tsung hadseregét készíti elő a Wonder Woman és az amazonok ellen, miközben Superman Sub Zero-t talál a Magány erődjében. Habár Superman általában képes lenne a Sub Zero-t alkalmatlanná tenni, úgy tűnik, mintha Dark Kahn létezése gyengítette volna a kriptont. Még Gotham legfinomabbjai is azon vannak, hogy a végtelen dühvel teli Scorpionnal lépnek fel.
Ban ben Mortal Kombat vs. DC Univerzum , A Kombat Rage továbbra is kulcsfontosságú szerepet játszik a történetben és a játékmenetben. Miután megfertőzte, a harcos csak a legnagyobb ellenségét láthatja. Ezek a hallucinációk arra kényszerítették a szövetségeseket, hogy habozás nélkül egymás felé forduljanak. A történet során az egyik karakterről a másikra ugrál, és arra kényszeríti a játékost, hogy csaták kesztyűjét élje át. Végül Supermannek és Raidennek kell elpusztítania Dark Kahnt, visszaállítva mindkét univerzumuk eredeti formáját.
A történetetől eltekintve a Kombat Rage megjelenik a videojáték Arcade Mode-jában, annak érdekében, hogy a támadások kétszeresét meghaladja. A Kombat Rage hatásai még megjelenhetnek is Igazságtalanság istenek köztünk Shazam árkád módban történő befejezése során. Minden barátja erőszakossá válik és egymásra fordul, sárga szemmel izzó szemekkel, mint az eredeti játékban és a képregényben.
