Esés a második és a harmadik előzetes film között, Star Wars: A klónháborúk részletesen bemutatta a galaxist alapjaiba ringató konfliktust. Végül, amint azt a rajongók is jól tudják, Darth Sidious terve, hogy aláássa a Jedit és a Köztársaságot, és átvegye az irányítást minden felett, sikeres volt. A háború folyamán azonban egy ember közelebb került a terveinek megsértéséhez, mint bárki más, annak ellenére, hogy akkor még nem vette észre.
Padmé Amidalát a rajongók mutatták be Csillagok háborúja: A fantom fenyegetése mint a megválasztott Naboo királynője. Miután befejezte királynői megbízatását, a Coruscant-i Galaktikus Szenátus képviselőjeként folytatta bolygójának szolgálatát. Kulcsszerepet játszott Sheev Palpatine telepítésében, aki a Naboo szenátora volt, amikor trónra ült, mint új kancellár. A galaxis sajnos kettős életet élt Darth Sidious leple alatt.
Szem előtt tartva, hogy Palpatine terveiben a legjobb esetben akaratlanul játszott szerepe, Padmé a szeparatistákkal folytatott háború befejezésének fontos elemévé vált. Szilárdan hitte abban, hogy a harc mindkét fél számára nem nyerhető forgatókönyv, és hogy a diplomáciai eszközök voltak az egyetlen módja a konfliktus megállításának. Padmének igaza volt, mert a háborút Palpatine vezényelte, aki titokban vezette a csata mindkét oldalát.
A háború során Padmé új módszereket talál a háború elleni harcra a Szenátusban. Olyan törvényjavaslatokat készített, amelyek korlátoznák a Köztársasági Nagy Hadsereg kiadásait, mivel a konfliktus mindkét oldalán egyre növekvő adósság jelentősen meggyengítette pozícióikat. Padmé szintén szembeszállt a szenátus parancsaival és kapcsolatba lépett a szeparatisták egyik barátjával, Mina Bonterivel, aki szintén békére vágyott. Ha ez elmozdult volna, Palpatine egész tervét kisiklatta volna.
A valóság az volt, hogy Padmé különféle békefolyamatai majdnem sikeresek voltak. Palpatine-nak és fecsegőinek rendkívüli intézkedéseket kellett végrehajtaniuk, hogy megakadályozzák a műveleteik akadályozásában, többek között amikor Dooku gróf megtervezte és kivégezte Bonteri meggyilkolását, majd támadást kezdeményezett Coruscant ellen a békemenet aláásása érdekében.
Ironikus módon minden, amit Padmé tett, hogy megpróbálja megállítani a háborút, végtelenül hatékonyabb volt, mint bármi, amit a Jedi megpróbált. A feltételezett békefenntartók hagyták magukat vonzani egy költséges konfliktusba, amelyet kezdettől fogva ellenük folytattak, és minden erőfeszítésük közvetlenül a Sith Lord kezébe került. Ez egy olyan terv volt, amelyet képesnek kellett volna érzékelniük az Erőn keresztül, de a saját arroganciájuktól elvakult.
Ha a Jedik képesek lettek volna túljutni a hubrisukon, hamarabb megvalósíthatták volna a körülöttük mozgó tervet. Padmé valódi elkötelezettsége a békés megoldás mellett Palpatine oldalán a legnagyobb tüske volt a Klónháborúk során, így ha a Jedi követte volna az ólmát, ahelyett, hogy harcba szállt volna egy meggyilkolásukra tervezett hadsereg mellett, a Rend nem esett volna ilyen könnyen.