A köztársaság utolsó napjaiban a Csillagok háborúja univerzum hatalmas csapást mért az Erő világos oldalára. Egy gyors parancsnokság alatt Palpatine császár aktiválta a 66. parancsot. A protokollt chipen keresztül beültették a klónhadsereg minden katonájába, és miután aktiválták, arra kényszerítették a katonákat, hogy a közelükben lévő összes jedit kivégezzék. A Nagy Jedi-tisztítás hatalmas számú jedit nyugtatott meg, és halálukkal befejezték a még befejezésre váró missziókat és rejtélyeket.
Azon sorsdöntő napon elesett jedik közül egyik sem tűnt olyan brutálisnak, mint Aayla Secura halála a vibráló Felucia bolygón. Star Wars III. Rész: A Sithek bosszúja azt mutatja, hogy a fiatal Twi'leket klónos zászlóalja lelőtte. Sajnos, amikor elesett, egy madár elterelte a figyelmét, és nem tudott reagálni. A lövés azonban még néhány másodpercig elidőz, és megmutatja, hogy a klónok továbbra is lőnek inert testére. Sok kérdés merült fel a szörnyű halálából, amikor a rajongók megpróbálják kideríteni, miért tűntek ilyen hidegvérűnek a klónok vele szemben.
Hasonlóan mesteréhez, Quinlan Voshoz, Secura úgy döntött, hogy a saját útját járja, miközben betartja a Jedi Rendet. Ez megmutatkozott a választott ruházatban és abban, ahogyan a fénykardját hátramenetben mozgatta. Secura mélyen törődött mesterével, aki egyedülállóan erős volt az Erőben. Sok teoretikus úgy véli, hogy ő is rendkívül hatalmas volt az Erőben. Ha ez történt, annak az oka lehetett, hogy a klónok lelőtték, annak biztosítása, hogy ne keljen fel, hogy hatalmas károkat okozzon képességeivel.
Secura legtöbb kalandja nem mutatja meg, hogy hatalmas erőt használna az Erőben a klónháborúk alatt. Ennek ellenére teljesen lehetséges, hogy képességei még nem jelentek meg teljesen. Alternatív megoldásként az erejét át tudta volna terelni harci képessége révén, amely a fénykard harc IV és V formáját használta fel, és rengeteg akrobatikát és nagy sebességű támadó mozdulatokat tartalmazott.
Egy másik elmélet, amelyet bemutattak, erősen kötődött Secura klónzászlóaljához fűződő kapcsolatához. Annak a sok évnek köszönhetően, amelyet a jedik klón katonáikkal töltöttek, sok kötelék alakult ki a két csoport között. A legjobb példák között szerepel Rex kapitány és Ahsoka Tano, vagy Cody parancsnok és Obi-Wan Kenobi. Ezzel a logikával a klónok folyamatosan lőhettek Securára, mert emlékeztek a vele megosztott történelemre, és meg akarták bizonyosodni arról, hogy halála gyors és fájdalommentes volt. Ha ez igaz, akkor ez a klón katonákként végzett utolsó cselekedetüket a tisztogatás egyik legkegyesebb részévé tenné.
Aayla Secura a rend egyik legegyüttérzőbb jedi volt. Ezért erőszakos végét a Nagy Jedi-tisztítás egyik legbrutálisabbjának tekintették. Secura halála egyben azt a gyors és műtéti pusztítást is jelenti, amelyet a császár elérni szándékozott. Sokat igényel egy Jedi megölése, sőt Anakin Skywalker is Baljós árnyak nem hitte el, hogy mindet le lehet győzni. A császár azonban bebizonyította, hogy tévedett, mivel szinte mindegyiket egy csapásra kiirtotta.
Szinte minden jedi halála gyorsan és erőszakosan következett be. Az esemény során az utolsó érzés, amelyet a túlélő Force-felhasználók árulásnak és fájdalomnak éreztek. Még Secura halála is elérte Yodát, aki akkoriban egy egészen más bolygón volt. A pontos ok, amiért a klónok oly sokszor lőttek Securára, továbbra is rejtély. Mindazonáltal ez a rejtély lehetővé tette a rajongók számára, hogy ismét összejöjjenek, hogy spekuláljanak a Csillagok háborúja univerzumának számos más rejtélyéről.
