A X-Men a képregényekben sok szerepel különböző történetek és csapatok közös munka a világ megvédése a különféle fenyegetések ellen. Évtizedes publikálás után azonban szinte garantáltan megjelennek azok a kérdések, amelyek a franchise folyamatosságát kérdőjelezik meg. Ugyanez vonatkozhat a X-Men 2000 és 2020 között megjelent filmek, különösen a 2006-as évek egyik jelenete X-Men: Az utolsó kiállás.
A filmben X professzor (akit Patrick Stewart alakít) kénytelen szembenézni legsúlyosabb hibájával, Jean Gray (Famke Janssen alakításában) és a Sötét Főnixgé való átalakulás formájában. Miután éveken át távol tartotta Jean leküzdhetetlen pszichés erejét, sötét személyiségként jelentek meg, amely tükrözte komikus párját. A kettő között egy hatalmas különbség a felénél jelentkezik Az utolsó stand azonban: Jean megöli a professzort gyermekkori otthonában. A közönség úgy gondolta, hogy ez megírta X professzor végét, de a története nem fejeződött be ott.
A szokatlan cselekménycsavarok közül, amelyek a X-Men filmeket kínáltak, a legtitokzatosabbat egy utólagos kredithelyzetben rejtették el Az utolsó stand , amelyből kiderült, hogy a professzor életben maradt azzal, hogy tudatát egy kómás ember elméjébe helyezte át. Dr. Moira MacTaggert (Olivia Williams alakításában) felfedezte X professzor túlélésének titkát. Míg a film korábbi sora elmagyarázta az ötletet, Xavier visszatérésének rejtélyét soha nem magyarázzák el teljesen, sőt a későbbi filmekben még csak meg sem említik.
A közönség csak 2013-ban láthatja újra Charles Xavier-t A Wolverine utóhiteles jelenetben. Ebben a sorrendben Logan szembe került a professzorral, és megkérdezte, hogyan élte túl. Charles visszahívással válaszolt az elsőre X-Men film, kijelentve: 'Nem csak te adsz ajándékot'. Ez a magányos kijelentés lenne az egyetlen magyarázat a több éves feltámadására.
Mielőtt Stewart utoljára megismételte professzor szerepét Logan , 2014-ben jelent meg X-Men: Az eljövendő múlt napjai , amely számos klasszikus stáb tag visszatérését is bemutatta, akik egy nem is olyan távoli jövőben harcoltak a Sentinelek ellen. Sok rajongó azt gondolta, hogy X professzor valamikor a képernyőn kívül magyarázta a visszatérését a többiekhez, mivel egyik szereplő sem kérdőjelezte meg szinte biztos halálból való visszatérését.
Míg még mindig rengeteg elmélet lebeg a rajongás körül, és alternatív utakat keres, amellyel Charles visszatérhetett volna, a fő magyarázat az, hogy a professzor önmagának látszott, annak ellenére, hogy más teste volt, mert a kómás férfi ikertestvére volt. Halála előtt Xavier átvitte tudatát ebbe a másik testbe. Fizikai képességei változatlanok, mert hiába volt új teste, a lábizmai valószínűleg erősen atrófiásak voltak. Bár ez a magyarázat nem a leglégmentesebb a cselekmény szempontjából, a film korábbi folyamatát megemlítő sor látszólag alátámasztja az elméletet.
Sajnos, az egyik legnagyobb rejtély a X-Men filmek - X professzor feltámadása, miután a Sötét Főnix meggyilkolta őket - soha nem kapták meg a nagyszerű magyarázatot. Ehelyett azt vették adottnak, hogy a közönség nem nézi túl mélyen a rejtélyt. Most, hogy a Marvel Studios rendelkezik a jogokkal, van remény, hogy a következő nagy képernyős fellépésükön sokkal kevesebb laza cselekményszál lesz.